اتّبعت في إخراج هذا المجلّد الثّاني المنهج نفسه الذي اتّبعته في المجلّد الأوّل، من حيث الاكتفاء بالإشارة إلى الخلافات والأسقاط بين الأصول التي اعتمدتها ونشرة بولاق التي ظلّت في أيدي النّاس ما يقرب من القرن ونصف القرن. والنّصّ المثبت هنا هو النّصّ الوارد في نسخة مكتبة آياصوفيا رقم ٣٤٨٣ - وهي أقدم النّسخ المنقولة من خطّ المؤلّف - والذي يتّفق تماما مع نسخة مكتبة حسين جلبي رقم ٧٩١ ونسخة مكتبة الفاتح رقم ٤٤٩٨. فكلّ السّقط الموجود في بولاق والذي استدركته هنا هو من هذه النّسخ الثّلاث. واستدركت كذلك بعض الإضافات - وعلى الأخصّ فيما يتّصل بالمصادر وتحديدها - من القطعة الأولى من مسوّدة المواعظ التي نشرتها سنة ١٩٩٥.
واستعنت في بعض المواضع بنسخة المكتبة الظّاهريّة بدمشق رقم ٣٤٣٧ والتي رمزت لها بالرّمز (ظ) والتي رجّحت أنّها منقولة من مسوّدة المؤلّف (فيما تقدم ١١٢: ١).
أمّا «حواشي المؤلّف» الموجودة على نسخته والمثبتة في نسخ آياصوفيا وحسين جلبي وليدن، فقد نقلتها في الهامش مسبوقة بالعبارة التالية:«حاشية بخطّ المؤلّف».
وعارضت في هذا المجلّد نقول المقريزي على مصادرها التي وصلت إلينا، وأحلت إلى مواضع هذه النّقول في المصادر؛ كما شرحت المصطلحات الحضاريّة مع الإحالة إلى الدّراسات والبحوث الحديثة والمتخصّصة.
وقسمت هوامش الكتاب - تماما مثل المجلّد الأوّل - إلى قسمين: قسم للمقابلات واختلاف القراءات بين الأصول المعتمدة وبين طبعة بولاق ومصادر المقريزي التي وصلت إلينا، وقسم للتّعليقات والشّروح والتّخريجات.
ونظرا لأنّ هذا المجلّد يتناول تاريخ عواصم مصر الإسلامية منذ الفسطاط وحتّى استيلاء الأيّوبيّين على قصور الفاطميين في القاهرة، فكان لا بدّ أن يصحب التّحقيق وضع خرائط توضّح تطوّر عواصم مصر الإسلامية والخطط الأولى للفسطاط، وتحوّل مجرى نهر النّيل أمام الفسطاط والقاهرة نحو نهاية القرن الخامس الهجري، وتحديد موضع أسوار القاهرة وأبوابها