برع الشيخ مرعي رحمه الله تعالى في مختلف العلوم الشرعية؛ كالفقه والتفسير، والحديث، والعقائد، وعلوم العربية، وعلوم السيرة والتاريخ، والسلوك، وغيرها.
وأسهم ﵀ إسهاماً جلياً في التأليف؛ فسارت بتآليفه الركبان، وأشار مترجموه إلى تنوعها وكثرتها ما بين كتاب، ورسالة لطيفة، وهي ما بين مخطوط ومطبوع (١)، ومنها:
١ - «الآيات المحكمات والمتشابهات».
٢ - «إتحاف ذوي الألباب في قوله تعالى: ﴿يَمْحُوا اللَّهُ مَا يَشَاءُ وَيُثْبِتُ وَعِندَهُ أُمُّ الْكِتَابِ﴾ [الرعد: ٣٩]».
٣ - «إحكام الأساس في قوله تعالى: ﴿إِنَّ أَوَّلَ بَيْتٍ وُضِعَ لِلنَّاسِ﴾ [آل عمران: ٩٦]».
٤ - «إخلاص الوداد في صدق الميعاد».
٥ - «الأدلة الوفيّة بتصويب قول الفقهاء الصوفية».
٦ - «إرشاد ذوي الأفهام لنزول عيسى ﵇».
٧ - «إرشاد ذوي العرفان لما في العمر من الزيادة والنقصان».
٨ - «إرشاد من كان قصده إعراب لا إله إلا الله وحده».
(١) انظرها مفصلة في: مقدمة تحقيق كتاب «تهذيب الكلام في حكم أرض مصر والعراق والشام» للعلامة مرعي الكرمي، بتحقيق: الأستاذ عبد الله الكندري (ص ٢٠)، وهو من مطبوعات مشروع لطائف لنشر الكتب والرسائل العلمية.