بعد حياة علمية حافلة بالعطاء والإنجاز العلمي؛ توفي العلامة الشيخ مرعي بمصر، في شهر ربيع الأول سنة (١٠٣٣ هـ)، على قول أكثر أهل العلم (١).
وقال ابن حميد:«رأيت في ظهر «الغاية» بخط شيخ مشايخنا العمدة الضابط الشيخ محمد بن سلوم، نقلًا: أن وفاته ضحوة يوم الأربعاء، لخمس بقيت من ذي القعدة سنة (١٠٣٢ هـ)، وكان له مشهد عظيم، وجلالة تليق به» (٢).