وصف المخطوطات اعتمدنا في تحقيق الكتاب على نسخ خطية أهمها وأتمها نسخة سبط ابن العجمي تلميذ المصنف، وقد أضاف عليها كثير من التعليقات والحواشي.
* النسخة الأولى: نسخة سبط بن العجمي: وهي النسخة التي كانت في المكتبة العثمانية بحلب ثم نقلت إلى مكتبة الأسد بدمشق وهو أربع مجلدات ضخام: - المجلد الأول: ويبدأ بحديث (٧٤) من الصحيح ويبدو أن القطعة الأولى من مقدمة المصنف حتى هذا الحديث قد فُقدت ويبدأ هذا المجلد بقوله: وقوله: {هَلْ أَتَّبِعُكَ عَلَى أَنْ تُعَلِّمَنِ} [الكهف: ٦٦] الآية: حدثنا محمد بن غرير الزهري قال .. وهو في باب ما ذكر في ذهاب موسى -عليه السلام- في البحر إلى الخضر من كتاب العلم. وينتهي بشرح آخر كتاب في الصلاة وهو حديث رقم (١٢٣٦) وفي آخره ما يلي: آخر كتاب الصلاة ويتلوه في الجزء الثاني كتاب الجنائز. ثم قال سبط بخطه أيضًا: