ثالثًا: منهج الموسوعة تضمّنت الموسوعة التفسير المأثور، وهو تفسير النبي -صلى اللَّه عليه وسلم-، والصحابة، والتابعين، وتابعيهم إلى حدود عام ٢٠٠ هـ (تقريبًا). وقد ضمّت الموسوعة قسمين رئيسين: ١ - آثار كتاب الدر المنثور في التفسير بالمأثور للسيوطي، وقد اعتمدت الموسوعة على طبعة دار هجر، وهي بإشراف الدكتور عبد اللَّه التركي. ٢ - الزوائد على الدر المنثور.
* مراحل العمل الأساسية: الأولى: مرحلة الجمع والمقابلة (تشمل جرد الكتب المسندة ومقابلة آثارها التفسيرية على الدر المنثور لاستخراج الزوائد إضافة إلى استخراج التوجيه والترجيح). الثانية: مرحلة التأليف والصياغة (تشمل تنقيح الدر المنثور وإضافة زوائده، ومن ثم تصنيفها وترتيبها والتأليف بينها، كذلك إضافة توجيه الآثار والترجيح بينها، وتخريج الأحاديث). الثالثة: مرحلة المراجعة والتدقيق. الرابعة: مرحلة التنضيد والفهرسة والطباعة.