أصل كتاب العلل للدارقطني مكون من أسئلة غير منتظمة وجهت إلى الدارقطني حول أحاديث فيها علة أَو أكثر كان الدارقطني يجيب عنها بما يفتح الله به عليه، ويطيل النفس أحيانا ويقصر أحيانا، كل ذلك خاضع لما يقتضيه المقام من إيضاح.
وقد صدرت هذه الأَحاديث ب " سئل " ثم يسرد الحديث المتضمن للسؤال ثم يتلوه الجواب مباشرة مصدرا ب " فقال ".
والمنهج الذي سلكه أَبو الحسن الدارقطني في أجوبته متنوع أوضحه فيما يلي: ١ - فهو غالبا يذكر الراوي الذي يقع اختلاف الإسناد عنه، ثم يذكر أوجه الخلاف فيه.